Blaze——配体的虚拟筛选
从庞大的化学数据库中,通过模拟生物体识别的方式进行虚拟筛选,仅需较少的成本,就可极大地提高您的高通量筛选命中率。
Blaze通过已知配体的形状和静电特性,可以快速的从庞大的化合物数据中找到具有相似性质的化合物。比如通过一些已知的活性化合物,可以替换多肽为非肽类化合物,或者替换甾体为非甾体化合物等方法,可以极好地发现新颖的类先导活性化合物。

使用Blaze,可以增加您的项目中先导化合物的多样性,并且使您的活性化合物的性质得到实质性的改善。

Blaze可以在您自己的CPU或GPULinux 集群上运行。我们也为您提供了Blaze云服务(BlazeCloud),您可以通过一个安全的网站入口,使用我们Cresset的硬件来运行Blaze。您也可以选择让我们Blaze为您的项目提供解决方案,详见Cresset consulting services。

选择Blaze
Blaze为您提供以下帮助:
增加先导化合物(leads)和备选化合物(backups)的多样性
找到新的化学结构类型
提高化合物的类药性几个小时之内虚筛千万个化学结构
设计多样化的用于合成或生物筛选的化合物库
同时运行虚拟筛选和高通量实验筛选以鉴定假阴性
使用自定义的工作流,整合先进的3D虚拟筛选技术
评估一批大量的化合物的3D多样性
在云上使用虚拟筛选可以显著降低成本
可使用商用硬件执行虚拟筛选

产品特点
1. 基于配体的虚拟筛选
2. 使用Cresset’s Fields来发现新颖的活性化合物
3. 使用高斯面相似度(pure gausian shapesimilarity)来发现新颖的活性化合物
4. 自定义打分规则,运用分子的形状和静电特性
5. 化合物的构象数据库已预先计算并保存好,使搜索更快捷
6. 利用蛋白质作为排除体积来限定搜索结果
7. 利用限制条件来确保特殊的相互作用在虚拟筛选结果中能得到保留
8. 对于单个实验的搜索具有多次查询的功能
9. 自动计算检索的富集度(retrieval enrichments)并绘制检索曲线
10. 检索结果可以保存为txt、sdf、mol2、xed等格式
11. 管理多源的化合物集合
12. 化合物集合根据分子大小分为多个子集,可以选择搜索完整的集合、子集或者其他特定的范围
13. 为您的项目迅速地创建自定义的子集
14. 针对化合物的收集和搜索,拥有完全可定义的用户和项目权限系统
15. 所有市场可得化合物的完整目录,包括最近的更新,相关权限和化合物数量的详细信息
16. 自动管理来自不同化合物集合的重复结果,意味着您搜索的是唯一的化学结构
17. 自动分析搜索性能
18. 查看系统状态和日志文件
19. Sun Grid Engine(SGE)的界面
20. 平台负载共享设施(LSF)的界面
21. 专有的客户---服务体系结构
22. 实验操作设置向导------只需轻松的几次鼠标点击,就可以开始一次一千万个化合物的虚拟筛选
23. 通过REST化的应用程序界面,启用脚本语言和并入工作流
24. 通过命令行的界面,启用脚本语言和并入工作流
25. 使用网页浏览器设置实验和浏览结果
26. 运用https加密连接技术
27.(和第22条重复了)
28. 虚拟机作为主机,且只有在项目执行期间存在
29. 使用尽可能多的cpu核来运行搜索
30. 使用尽可能多的GPU资源来运行搜索
31. 包含在Blaze站点许可中(Blaze site license)

Dramatically increase your wet screening hit rate at a fraction of the cost with a biologically intelligent virtual screen of large chemical databases.

Blaze uses the shape and electrostatic character of known ligands to rapidly search large chemical collections for molecules with similar properties. It is excellent for finding novel lead like hits from known actives, replacing peptides with non-peptides or steroids with non-steroids. Using Blaze you will increase the diversity of your projects lead compounds and jump into new areas of chemical space giving substantial improvements in the properties of your hits.

Blaze is available as computational chemistry software for deployment on your CPU or GPU Linux clusters.

Blaze helps you to:

  • Increase the diversity of your project’s leads and backups
  • Jump into new areas of chemical space
  • Improve the lead-like properties of hits
  • Virtually screen 10 million structures in a few hours
  • Design diverse libraries of compounds for synthesis or biological screening
  • Routinely run virtual screening in parallel to wet screening to identify false negatives
  • Assess the 3D diversity of a collection of thousands of compounds
  • Access virtual screening on the cloud at significantly lower costs
  • Perform virtual screening using commodity hardware

Feature Blaze BlazeGPU
Ligand based virtual screening of millions of compounds ? ?
Find novel hits using Cresset’s fields ? ?
Find novel hits using pure gassian shape similarity ? ?
Customize the scoring regime to use both shape and electrostatic character of molecules ? ?
Database of compound conformations to search is precalculated and stored to make searching faster ? ?
Use a protein as an excluded volume to limit results to those that fit within the active site ? ?
Use constraints to ensure specific interactions are maintained in the virtual screening results ? ?
Search with multiple queries in a single experiment ?
Automatic calculation of retrieval enrichments and plotting of retrieval curves ? ?
Retrieve results as a text file, as 2D sdf file or as 3D alignments (sdf, mol2 or xed format) ? ?
Manage compound collections from multiple sources ? ?
Compound collections are subsetted by size of molecule; choose to search complete collections, sub-sets, or specific ranges ? ?
Rapidly create custom sub-sets for your project from the master collection ? ?
Fully definable user and project permission systems on compound collections and searches ? ?
Complete listing of available compound collections, including details of last update, relevant permissions and number of compounds ? ?
Automatic management of duplicates from different compound collections, meaning you only search unique structures ? ?
Automated analysis of search performance ? ?
View system status and log files ? ?
Interface to Sun Grid Engine (SGE) ? ?
Interface to platform’s ‘Load Sharing Facility’ (LSF) ? ?
Proprietary client-server architecture ? ?
Wizard like interface to experimental setup – just a few clicks to start a virtual screen of 10 million molecules ? ?
Commmand line interface to enable scripting and incorporation into workflows ? ?
Setup experiments and browse results using a web browser ? ?
Wizard like interface to experimental setup – just a few clicks to start a virtual screen of 10 million molecules ? ?
Searches use as many CPU cores as you have available ?
Searches uses all GPU resources that you have available ?
Included in a Blaze site license