Spark——寻找分子关键部分生物等效替换的软件
Spark是一个令人兴奋和强有力的方法来为你的项目生成新颖和多样性的结构。Spark使用Cresset领域技术来为分子的关键部分寻找生物等效替换,让你能能够在新的化学空间上找到新的结构。

使用Spark计算化学软件,在保留活性并且最小化ADME和毒性问题的同时,来优化您的先导化合物并且改善您的IP位置,或者完全改变骨架。

Spark有一个容易使用的界面,能够从最初的2D结构快速生成一系列先导分子,帮助您选择您所需要具有的属性的最创新和最易处理的先导化合物。
选择Spark

使用Spark,您将可以:

·克服“chemotype trap”,在新的化合物结构空间产生先导分子最创新的想法。

·使用过滤器找到物理化学性质和生物活性正确组合的结果

·通过选择允许替换部分的化学结构来找到合适的结果

·详细并排列出结果,或者将相似的化学骨架进行聚类

·从真实的,出版的或者未知的化合物数据库中搜索部分基团

·基于您的可用试剂或者您私有的化合物创建您自定义的数据库

特性

Spark GUI

Spark CLI

从三维构象或者二维分子结构出发

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ChemDraw或其它应用中粘贴起始分子

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将一个标准工作流部署到KNIME或者PipelinePilot

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在所有新键中控制原子允许的元素和杂化

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使用约束条件来确保维持特定的相互作用

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对多个参考分子的结果进行评分

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一次搜索一个数据库,检查运行之间的结果,将新的结果附加到现有的项目中

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通过在工作启动时选择需要搜索哪些数据库,从而达到在一个过程中搜索多个数据库

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浏览结果分子中的2D结构

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得到每个分子与起始分子的三维比对结果

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在一个直观地径向图中查看每个结果分子的物理性质

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基于Mucrko骨架将结果聚类到独立的化学类型中

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利用骨架或者取代模式将结果进行聚类

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确保每个新想法满足共同的或者项目对于标准物理属性(如logPTPSA、分子量等)的指导方针

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将特殊的结果标记为进行进一步研究的重点

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将结果导出成能在ExcelSpotfire等中使用的csv(结构导出成smiles字符串)

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基于您私有的片段创建自定义的数据库

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将公共数据库进行片段化,从而创建自定义的数据库

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控制存储在数据库中片段的大小和柔性

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使用容易理解的综合规则将您可用的试剂转化为数据库进行搜索

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创建您自己的规则,用于将试剂转化为可被搜索的片段数据库

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Spark is an exciting and powerful way of generating novel and diverse structures for your project. Spark uses Cresset’s field technology to find biologically equivalent replacements for key moieties in your molecule, enabling you to find new structures in new chemical space.

Use Spark computational chemistry software to optimize your leads and improve your IP position, or to switch scaffolds completely while retaining activity and minimizing ADME and toxicity issues.
Spark has an easy to use interface that quickly generates a range of lead molecules from an initial 2D structure and helps you choose the most innovative and tractable leads with the properties you need.
Using Spark you will:
?    Generate highly innovative ideas for lead molecules in new areas of chemical space, overcoming the ‘chemotype trap’
?    Use filters to find the result with the right mix of physicochemical properties and biological activity
?    Tailor results by selecting the chemistry allowed for the replacement moieties
?    Visualize results in detail side-by-side, or cluster similar chemical scaffolds
?    Search for moieties from real, published or unexplored compound databases
?    Create your own custom databases based on the reagents you have available or your proprietary chemistry.