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PCMODEL V 9.3——半经验分子学软件包,具有良好的图形界面
PCMODEL是图形界面程序,利用MOPAC进行半经验计算,并具有显示分子模型的功能。支持多种量化程序的输入格式。
 PCMODEL的功能:
1. PCMODEL支持的力场有:MMX,MM3,MMFF94,Amber,Oplsaa。代码的计算前端现已完全重写,可以使用更新的最小化技术,还能使用一阶和二阶导数方法。GMMX的构象搜索程序进行了整合,可以一次搜索四环和五十个可转动键。可以计算简正振动模式。可以使用各种比较方法,输出的结构可以查询键长、键角、二面角和耦合因子。原子数的限制增加到2500个。
2. 与一个或几个子结构对接。
3. 内置的MMX力场具有六十种原子类型和普通参数,以及过渡金属的函数和参数,MMX力场最小化方法能够提供一些市售的最完整的分子模拟工具。对于开壳层体系的分子力学计算,共轭体系的非限制性Hartree-Fock π方法提供了前所未有的精度。标准的RHFπ方法可用于模拟含C、N、O闭壳层体系的模拟。对于特殊的芳香碳类型提供很好的芳香结构,无需做π计算。此外,程序的MM3,MMFF94,Amber和Oplsaa力场包含了现今所有发布的参数。
4. 处理任意多个金属原子,每个结构中最多可以有20种不同金属类型。对于过渡金属化合物,可以用σ成键、孤对配位以及π体系配位进行构建。参数可用于所有的过渡金属。
5. MMX力场可进行包含键角依赖和键长依赖的氢键计算。过渡态建模和动力学模拟只需一个按钮就可完成。
6. 通过编辑参数文件,可以为PCMODEL加入自己的参数,包括键角,键长,扭转常数,以及偶极信息。
7. 显示选项提供用于分子模拟计算的补充信息,包括电荷曲面,实心范德瓦耳斯曲面,水溶剂化曲面。
8. 结构和电荷参数在屏幕上即指即得。
9. PCMODEL可作为量子化学程序前端,目前提供对Gaussian,Gamess,Jaguar,ADF,PQS,Turbomole,Hondo,Ampac和Mopac的完整支持,通过使用简单的对话框产生这些量子化学程序的输入文件,通过读取计算输出文件显示计算的结构,轨道(需要辅助程序Orbdraw)和简正振动模式(需要辅助程序Vibrate)。
10. PCMODEL还读写用于其它类型分子计算程序的文件:MM2,
MM3,MOPAC,Ampac,Gaussian,Gamess,Jaguar,Hondo,TurboMole,Macromodel,Alchemy,Sybyl,Chem-3D,PDB和SDF。
Pcmodel version 9.3
Serena Software announces the release of  version 9.3 of Pcmodel. The latest version continues our work on the OpenGL rendereing of molecules and adds support for the Q-Chem ab initio quantum chemistry program.

Among the many reasons for using Pcmodel are:
  • OpenGL graphics engine for high quality graphics (staring with version 9.0)
  • Easy, intuitive builder for Organic, Bio, and Organometallic molecules
  • Builders for Peptides, Sugars, Nucleic Acids
  • Geometry optimization using molecule mechanics force fields - MMX, MM3, MMFF94, Amber or Oplsaa
  • Central force field model for Organometallic molecules
  • Conformational searching using any of the included force fields
  • Compute Normal Vibrational Modes
  • Query distance, angles, dihedrals and nmr coupling constants
  • Now including semi-empirical molecular orbital calculations
  • Interfaces to many quantum chemistry programs including Gaussian, Gamess, PQS, ADF, Turbomole, Q-Chem
  • Read and Write many types of chemical information files including: PDB,SDF,MM3, Macromodel, Sybyl, Alchemy,
  • MDL-Mol, Gaussian, Gamess, Jaguar, Mopac, Ampac, Hondo, ADF, PQS, Turbomole, Chem-3D, Tinker, Smiles
  • Make and Play Movies (avi and quicktime formats)
  • Docking of small molecules
  • Support for Windows, Macintosh OsX and Linux
  • Low cost, no license managers and site licenses