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MeltCalc 2.0——DNA序列热力学软件
MeltCalc 可以自动计算DNA序列热力学数据的Excel电子表格宏软件。基于热力学计算,根据输入的核酸序列,自动计算热力学数据,融合温度(Tm),设计杂交探针。软件不支持引物设计,所以可与Prime3(引物设计)联合使用。
The ultimate thermodynamic modelling spreadsheet for Excel?
Ever been puzzled by non-functional Hyb-probes for the LightCycler??
Optimize your probes with thermodynamic knowledge!
The professional edition will do this automatically for you.
It will provide you with a thermodynamically optimized probe at its best!

Example for Hyb-probe improvement using MeltCalc©
The ultimate thermodynamic modelling spreadsheet for Excel?
The following LightCycler? melting curves have been achieved before and after thermodynamic Hyb-Probe assay optimization using MeltCalc© Professional which runs as Excel© "Add-In" in almost every Windows? environment. Excel 7.0 or higher is required for execution. For this example  a 200 bp sequence surrounding the mutation of interest was given together with the mutation
In the example shown both probes (wild-type and the mutation compatible) hybridize with the antisense strand. The wild-type compatible probe (manual selection) shows no sufficient Tm difference between perfect match and mutation. However, the mutation compatible probe can reliably discriminate the Wild-type and was automatically chosen by MeltCalc©.

New features of this version are:
Calculation of Tm now including "dangling end"parameters (if applicable).
Maximum possible sequence length increased from 256bp to 1755bp for all features.
Maximum possible alignment for cross hybridization is shown graphically.
Mutations can be inserted by bp and base exchange.
A formula for calculation of Tm for long sequences is added .

Probe design:
Dangling end calculations are included into the algorithms.
(Highly important for optimization of hyb-probes; every probe has two dangling ends, since the DNA template is usually longer than the probes!).
Space between anchor and probes for LightCycler? assays can be chosen (1 to 5). Minor modifications:
Mismatches are highlighted automatically.
Calculation of sodium equivalents has been modified.
SYBR green-I? influence on Tm is estimated, based on empirical data.

First page:
Cross-Hybridization Tms are highlighted using color coding in dependence of their hybridization temperature.