SnapGene——日常分子生物学软件

SnapGene是一款非好用的日常分子生物学软件,它模拟了 Clontech 的 In-Fusion 克隆技术,只需选择您想要融合的 DNA 片段,即可设计引物,是创建无缝基因融合的一种非常通用的方法。SnapGene 还简化了吉布森装配反应的计划,并自动化了底漆设计,通过 PCR 扩增待连接的 DNA 片段以产生重叠末端。

SnapGene是可视化和记录您日常分子生物学过程的最简单的方法。
可视化
当您可以准确地看到自己在做什么时,克隆就更简单了。
DNA可视化
查看DNA序列的多个视图。
查看自动生成的DNA结构的图形历史记录。祖先序列可以作为单独的文件恢复。
支持分析大型序列
浏览染色体大小序列。
利用SnapGene高效的数据处理能力扫描具有数千个注释特征的大型DNA序列。
蛋白质可视化
查看蛋白质序列的多个视图。
自定义区域、站点、绑定和序列颜色的显示。
直观的序列编辑功能
轻松编辑DNA和蛋白质序列。
进行插入、删除、替换和大小写更改。复制和粘贴序列时,将自动转换功能要素。
序列颜色编码
将选定的DNA或氨基酸序列设置为这十种颜色其中之一。
为两条DNA链或蛋白质序列着色。 颜色在“映射”和“序列”视图中均可见。
功能注释
自动标注常用功能,或手动标注新功能。
使用SnapGene广泛的数据库查找DNA序列中的共同特征。 您选择的其他功能可以添加到自定义数据库中。
模拟
SnapGene提供了美观,信息丰富的窗口,可用于模拟各种常见的克隆和PCR方法。
限制站点指示器
确认限制站点适合克隆。
以粗体突出显示独特的限制性位点,或选择自动定义Unique Cutters或Unique 6+ Cutters酶组。
限制性克隆
可视化克隆过程的所有细节。
如果您已经有了一个克隆过程的想法,那么模拟将仅花费几秒钟。如果克隆过程存在设计缺陷,还可以捕获并纠正错误。
PCR
模拟标准PCR。
使用您自己的引物,或要求SnapGene自动设计引物。产品文件将模板和引物存储在其历史记录中。
重叠延伸PCR
重叠延伸PCR法融合片段。
最多组装八个碎片。选择要连接的片段及其定位,SnapGene设计引物。
引物定向突变
使用突变引物进行定点突变。
选择一个致突变引物,然后按一下按钮查看修改过的质粒。历史色彩凸显了这一变异。
Gateway克隆
模拟Gateway BP克隆或LR克隆,或同时模拟两者。
为了方便,还提供了共同的供体向量和目标向量。选择要组装的片段,SnapGene即可设计引物。
Gibson组装
通过融合最多8个片段,或将最多8个片段插入向量,模拟Gibson程序集。Gibson Assembly是一种流行的无缝克隆方法。
选择要融合的片段及其方向,SnapGene即可设计引物。线性化后的载体可以通过酶切或反向PCR产生。
In-Fusion克隆
通过将最多八个片段插入一个载体来模拟Clontech的In-Fusion克隆。 融合克隆是创建无缝基因融合的一种非常通用的方法。
选择要融合的片段及其方向,SnapGene即可设计引物。线性化后的载体可以通过酶切或反向PCR产生。
TA和GC克隆
通过TA或GC克隆捕获PCR产物。
选择传统的TA克隆或高效的GC克隆。
为了方便起见,提供了常用的TA克隆载体和Lucigen的GC克隆载体。
Annealing Oligos
将两个寡核苷酸重组以形成双链产物。
使用简单控件为限制克隆添加悬挑。
避免错误
使用SnapGene,确保构造符合您的要求,并确认您获得了所需的序列。
基因融合阅读框
确保构造中的转换功能位于框架中。
使用序列视图可以查看两个已翻译的特征是否在框架中。
与参考序列对齐
使用功能强大的对齐工具检查实际构造是否与模拟构造匹配。
请参见对齐序列与参考序列匹配的位置以及存在差异的位置的概述。
自动记录
SnapGene自动记录创建图形历史的操作,并将祖先构造存储在最终文件中。
全面的“撤消”功能
撤消几乎所有操作。
不要觉得使用SnapGene文件很复杂--追溯这些步骤很容易。
历史和嵌入原型序列
查看构造的图形历史记录。
单击某个操作以突出显示父序列和产品序列的相关部分,或单击PCR引物名称以查看引物序列。
单击历史树中的原型以重新生成该原型序列文件,包括其注释和克隆历史。
历史记录颜色
使用可选的历史记录标上颜色来标识序列的最新更改。
查看有关组装结构的详细信息,包括结扎的粘性末端。
拥有您的数据
SnapGene可以帮助您选择读取和共享文件,同时保持对数据的完全控制。
安全文件管理
把您的SnapGene文件放在您想要的地方。
使用您熟悉的、安全的计算机操作系统来存储和管理SnapGene文件。
从其他格式导入
支持读取许多常见的文件格式。
不仅可以导入DNA序列,还可以导入功能注释和注解。
导出标准格式
将序列,图谱或凝胶图像转换为标准格式,以与其他软件一起使用。
将序列导出为GenBank或FASTA格式。将地图或模拟的琼脂糖凝胶导出为常见的图像格式。
与SnapGene Viewer共享数据
将SnapGene格式的文件发送给同事或客户,他们可以下载免费的SnapGene Viewer来浏览这些文件。
只需将文件连同链接发送到SnapGene Viewer。就像完整的SnapGene界面一样,接收者将能够看到图谱、序列和注释。
对于开发人员
如需将SnapGene整合到您的数据分析或实验室管理软件中,请联系我们以获取有关如何读写SnapGene文件的信息。
转换文件格式
信息的公开交换至关重要,因此SnapGene和SnapGene Viewer提供了用于读取和导出常用文件格式的选项。
从另一种格式导入时,目标不仅是捕获DNA序列,还要捕获注释和注解。如果在导入文件时遇到故障,或者想要支持新的文件格式,请与我们联系。
系统需求
SnapGene可适用于Windows和Mac系统。

S

napGene is the easiest way to plan, visualize,and document your everyday molecular biology procedures.


Version 5.1 provides enhanced flexibility for displaying and annotating sequences. Updates include an improved layout for linear maps, an optional split view for sequence windows, more versatile controls for enzyme visibility, and links between related folders in different areas of a SnapGene collection.


Better Linear Maps

Enzyme sites and other annotations in a linear map are now allowed to overlap, thereby reducing map height while preserving legibility.



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Optional Split View

A DNA or protein sequence window can be split to show two different views, or two versions of the same view.



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Enzyme Visibility Controls

Like features and primers, individual enzymes can now be shown or hidden using check boxes.


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Links Between Collection Areas

When a SnapGene collection stores related files in the DNA Files, Protein Files, and Miscellaneous Files areas, a folder in one area can be linked to related folders in another area.



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Flexible Choice of Reference Type

When adding references to the Description Panel, a variety of reference types are now available.



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Adjustable Threshold for Feature Detection

When importing features from another SnapGene file or detecting common features, the match threshold can be adjusted between 80-100%.


Batch Edits in Collections

A SnapGene collection now supports batch edits of multiple files for flipping sequences, importing features or primers, detecting features or primers, performing BLAST searches, and specifying entries in the Description Panel.



Optional Stripes for “A” Traces

In a sequence trace file, the “A” trace can be displayed with stripes to support researchers with color vision disabilities.


Pre-defined “Type IIS Enzymes” Set

Type IIS enzymes, which are used for Golden Gate assembly, can be displayed using a pre-defined enzyme set.